小伙伴们都是怎么找生物标志物的？去PubMed里一篇一篇地翻文献，还是去各种数据库一个一个地搜索？？
这样不是不可以，就是耗时比较高
布小谷给小伙伴们分享一个集大成者的分子生物标志物数据库— —MarkerDB！
它是一个全面的、注释丰富的分子生物标志物数据库，涵盖了文献中描述的临床批准和临床前/研究标记，开源、免费，网址：
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数据库概况
MarkerDB是一个整合已知临床和选定的临床前分子生物标志物的数据库数据库er图，包括四种主要类型的分子生物标记（化学，蛋白质，DNA [遗传]和核型）和四种生物标记类别（诊断，预测，预后和暴露）。
目前，MarkerDB数据库包含142个蛋白质生物标记，1089个化学生物标记，154个核型生物标记和26374个遗传标记。这些分类为25560个诊断生物标志物，102个预后生物标志物，265个暴露生物标志物和6746个预测生物标志物或生物标志物组。这些标记可共同用于检测，监视或预测670种特定人类疾病，这些疾病分为27大疾病类别。
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网站主页
主页上有九个图标，用户可以点击图标按疾病/条件浏览生物标志物、按分子类别（蛋白质、基因、化学物质、核型）浏览生物标志物，还可以按生物标记目的浏览“诊断生物标志物”（D）、“预后生物标志物”（P）、“预测生物标志物”（Pre）或“暴露生物标志物”（E）。
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提供的信息
MarkerDB提供的信息包括：生物标志物名称和同义词，相关条件或病理，详细的疾病描述，详细的生物标志物描述，生物标志物特异性，敏感性和ROC曲线，标准参考值（对于蛋白质和化学标志物），变体（对于SNP或遗传标志物），序列信息（用于遗传和蛋白质标记），分子结构（用于蛋白质和化学标记），组织或生物流体来源（用于蛋白质和化学标记），染色体位置和结构（用于遗传和核型标记），临床批准状态和相关文献参考。
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化学生物标志物模块
MarkerDB中的化学生物标记物包括各种先天性代谢或遗传疾病、癌症、代谢紊乱、传染病、药物暴露、化学/污染物暴露和饮食摄入的标记物。MarkerDB中的1089个化学标记与448种疾病以及106种暴露有关。
MarkerDB中的每个化学标记都有一个或多个疾病关联，以及MarkerDB ID、结构、化合物描述、名称/同义词、理化数据、疾病浓度、正常浓度、性别、年龄范围（成人/儿童/新生儿）、生物流体（标记物通常用于测量）、ROC曲线、敏感性、特异性、显著性（P值）、一个或多个文献参考和其他在线数据库（OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等）的外部超链接。
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蛋白质生物标志物模块
MarkerDB中142个蛋白质生物标志物覆盖了160多种疾病。MarkerDB中的所有蛋白质生物标记物数据都是从OncoMX、CBD和UPBD原始文献中提取的，结构数据从蛋白质数据库PDB收集。
MarkerDB中的所有蛋白质标记都有一个或多个疾病关联数据库er图，以及MarkerDB ID、序列、结构、详细的蛋白质描述、蛋白质名称/同义词、蛋白质理化数据、疾病浓度、正常浓度、性别、年龄范围，生物流体、一个或多个文献参考和其他在线数据库的外部超链接。
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DNA生物标志物模块
DNA生物标记物是MarkerDB中最大的一类标记物。MarkerDB中的DNA生物标记进一步分为26021个与209种疾病相关的DNA突变标记、353个与70种疾病相关的SNP标记和23个与16种传染病相关的微生物/病毒基因。DNA突变数据（和临床批准的突变试验）来自Genetic Testing Registry，序列数据从GenBank中提取，DNA SNP生物标记物的主要来源是数据库GWAS-ROCS，疾病信息从OMIM或Genetics Home Reference中提取，关于微生物/病毒生物标记基因的剩余数据通过原始文献或专利检索获得。
MarkerDB中的所有DNA标记都有一个或多个疾病关联，以及MarkerDB ID、序列（标记了疾病变体）、详细的基因描述（编码区范围内）、基因名称/同义词、一个或多个文献参考和到其他在线数据库的外部超链接。
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核型生物标志物模块
MarkerDB共有154个核型标记或核型图，与47种不同的疾病/状况相关。MarkerDB中的所有核型生物标记物数据都是从原始文献中提取的，包括肿瘤学和血液学中的遗传学和细胞遗传学图谱，以及人类不平衡染色体畸变目录。
MarkerDB中的所有核型标记都有一个或多个疾病关联，以及MarkerDB ID、标记的独特图谱或核型图（显示与疾病核型相邻的正常核型）、核型的简短描述、疾病关联、一个或多个相关基因的文献参考和超链接。
结语
本次数据库的介绍就分享到这里了，需要查找分子生物标志物的小伙伴可以数据库试试哦!
参考文献
Wishart DS, Bartok B, Oler E, Liang KYH, Budinski Z, Berjanskii M, Guo A, Cao X, Wilson M. MarkerDB: an online database of molecular biomarkers. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D1259-D1267. 33245771
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